A estação foi aberta em 1891 com o nome de Taipas, e era conhecida como Parada de Taipas. Em meados dos anos 1940, teve o nome alterado para Jaraguá, que era o nome de um posto telegráfico situado um quilômetro antes, sentido Capital-Jundiaí. O seu prédio ainda é antigo.
Em 28/10/83, um incêndio provocado pelos usuários começou a ser restaurada. O prédio hoje mantém as sua características originais e atende aos trens metropolitanos...
